Михайло Петрович Драгоманов народився 18 (30) вересня 1841 р. в м. Гадячі на Полтавщині в родині небагатих дворян.
В метричній книзі Соборно-Успенської церкви за 1841 рік міста Гадяч є запис, в якому вказано, що 6 вересня 1841 року в дворянській родині Петра Якимовича Драгоманова та Єлизавети Іванівни Цяцької (Драгоманової) в місті Гадячі на Полтавщині народився первісток, якого нарекли Михайлом.
Батьки Михайла були нащадками козацької старшини. З малих років його вихованням займався батько, котрий мав вищу освіту, писав художні твори і займався етнографією (в молодості жив у Петербурзі і співпрацював у російських альманахах 1820-1830-х рр.). Маючи неабияку бібліотеку, він прищеплює малому Михайликові любов до читання. На той час в заможніх родинах для виховання підростаючого покоління заведено було наймати гувернантів, але Петро Якимович навідріз відмовився від цієї ідеї і займався вихованням сина виключно самостійно. Мати ж юного Драгоманова не мала грунтовної освіти і вміла лише читати та мала феноменальну пам’ять, на її плечах лежало господарство, яким вона управляла.
Михайло з дитинства захопився читанням, весь вільний час приділяючи батьківській та бабусиній бібліотеці. Коли ж подорослішав, батько віддав його (1849 р.) на навчання до Гадяцького повітового училища. По закінченню цього навчального закладу він продовжує здобувати освіту в Полтавській гімназії (1853 р.). Цей період ознаменується глибоким накопиченням знань (він вивчає грецьку, латинську, російську, французьку, німецьку мови, фізику, історію, географію, військову справу та Закон Божий). Ще в гімназії під впливом свого вчителя Строніна Михайло почав захоплюватися вивченням історії.
Драгоманов був відмінником навчання і успішно закінчив цей навчальний заклад (щоправда, через конфлікт з інспектором його на останньому курсі могли виключити, але, зрештою, щоб не роздувати неприємну ситуацію і зважаючи на успіхи молодого гімназиста дозволили скласти іспити екстерном). Про це є свідчення зі спогадів його сестри Оленти Пчілки.
Восени 1859 р. Михайло стає студентом історико-філологічного факультету університету Святого Володимира в місті Києві. Ще на початку навчання він почав виділятися серед однорідної маси студентів. Зібравши групу однодумців (17 студентів) він звертається до керівника київського навчального округу (М. Пирогова) з проханням дозволити їм заснувати першу недільну школу, куди б могли приходити діти, які не мали коштів на навчання в тогочасних закладах освіти. Дана ініціатива знайшла підтримку і юні інтелігенти з 11 жовтня 1859 р. розпочинають свою волонтерську навчальну діяльність. Заняття проходили на базі Київського повітового дворянського училища на Подолі. Згодом з’явились і інші місця викладання. Навчання бідняків проводилось у неділю, коли не було занять у дітей паничів.
Оскільки підручників українською мовою не було взагалі, то студенти викладали, як правило, на російській мові, але пояснення давали зазвичай українською. Російське самодержавство вбачало в таких школах загрозу імперському існуванню і поступово почало діяльність по ліквідації закладів. Спершу було звільнено зі своєї посади М. Пирогова, потім заборонили викладання українською мовою і, зрештою, 1862 р. такі школи взагалі були ліквідовані.
Першим історичним виступом Драгоманова як громадського діяча можна вважати його прилюдний виступ над труною Т. Шевченка у Києві в травні 1861 року, коли останки Кобзаря перевозили на Україну. Він був серед тих, хто зустрічав труну на березі Дніпра і супроводжував її до пароплава на Канів.
В 1864 р. Михайла Драгоманов одружився з фантастично красивою і талановитою актрисою – Людмилою Кобинською. У шлюбі народилося двоє дітей – донька Людмила та син Світозар. Створивши молоду сім’ю, Драгоманов, вимушений шукати нових коштів, почав писати статті для петербурзьких періодичних видань.
Як науковець, спеціалізуючись із загальної історії, Драгоманов зацікавився соціальною боротьбою в Римі напередодні появи християнства, захистив дисертацію з римської історії. Його помічають у наукових колах та беруть на посаду приват-доцента, а згодом (1870 р.) і доцента університету Св. Володимира. В 1870 р. навчальний заклад відряджає свого співробітника для підвищення кваліфікації за кордон, де той майже три роки працював в архівах та університетських центрах Праги, Берліна, Відня, Рима, Флоренції, Гайдельберга, Львова.
Повернувшись до Києва, Михайло Драгоманов долучається до роботи у новоствореному відділі Російського географічного товариства, стає учасником третього археологічного з’їзду, зближується з діячами лівого крила «Громади», фактично очолює редакцію газети «Киевский телеграф».
Побувавши в Європі, Драгоманов став ревним представником федеративного соціалізму та звинувачував громадівців у неклопітливій боротьбі з класовою дискримінацією та підбурював їх до соціально-політичної боротьби. Критикував український культурній та освітній рух за аполітичність. Зрештою, його пропаганда відкритої політичної боротьби загубила його університетську кар’єру. За доносом М. Юзефовича в 1875 р. Михайла Петровича було звільнено з університету через політичну неблагонадійність.
Після Емського указу в 1876 році Драгоманов вимушений був емігрувати. Спочатку їде до Відня, потім у Женеву (Швейцарія), де живе до 1889 р. Михайло Петрович у Женеві організовує друкарню, саме в цьому мальовничому місті він видасть п’ять томів альманаху «Громада», мета якого передбачала надання якомога більшого матеріалу про Україну для збільшення зв’язків з Європою та сприяння утворенню політичних гуртків на батьківщині. У своїй друкарні він публікує твори українських письменників. Так за його сприяння були випущені твори Т. Шевченка, роман Панаса Мирного «Хіба ревуть воли, як ясла повні», й багато інших.
11 травня 1878 р. Драгоманов виступив на літературному конгресі в Парижі з доповіддю «Література українська, проскрибована урядом російським» та висловив надію, що зібрання знайде спосіб допомогти українському народу.
У 1886 р. внаслідок наступу царизму стара громада починає згортати свою діяльність і припиняє фінансування друкарні в Женеві, що спричинить розрив Драгоманова з цією організацією. Натомість новим витком стане діяльність Михайла Петровича на Західній Україні, що перебувала під австрійським урядом. За допомогою І.Франка та М. Павлика його ідея була здійснена і в 1890 р. тут виникає Русько-українська радикальна партія.
У 1889 р. на запрошення уряду Болгарії Драгоманов їде до Софії, де займає кафедру історії в тодішній Софійській вищій школі (тепер університет). Весь цей час Михайло Петрович хворів на аневризму аорти, через що йому було важко говорити. Помер від розриву аорти 2 липня 1895 року. Похований в Софії за протестантським обрядом.
По своїй смерті Драгоманов залишив двох дітей, сина Світозара та дочку Лідію. Племінницею Драгоманова також є велика патріотка Леся Українка.